사업용으로 사용하던 건축물 철거비용 및 오염토지 원상회복 비용 관련 매입세액공제 여부

사업자가 과세사업에 사용하던 건축물 및 토지를 「도시개발법」상 환지처분에 따라 토지 등으로 보상받고 해당 토지에 주상복합건물을 신축ㆍ분양하는 경우 사업자의 기존 건축물 철거비용 및 오염토양 원상회복 비용 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것이나, 환지처분 받은 토지를 그대로 매각하는 경우 해당 매입세액은 공제되지 아니하는 것임

[회신] 제조업을 영위하는 사업자(이하 “사업자”)가 과세사업에 사용하던 건축물 및 토지가 ｢도시개발법｣에 따른 도시개발구역으로 지정․고시됨에 따라 사업자의 비용으로 기존 건축물 철거 및 오염토양의 원상회복을 위한 복원공사를 실시하여 환지 방식의 도시개발사업 후 종전 토지는 환지처분 받고 건축물과 영업손실 보상금은 체비지 또는 현금으로 보상받는 경우로서 사업자가 환지처분 받은 토지에 국민주택규모 이하 아파트와 오피스텔을 신축․분양하는 경우 건축물 철거비용 및 오염토양 원상회복 비용 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조, 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산 하여 공제하는 것이나 사업자가 환지처분 받은 토지를 그대로 매각하는 경우 건축물 철거비용 및 오염토양 원상회복 비용 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 공제하지 아니하는 것임 1. 사실관계 ○ 질의법인은 제조업을 영위하는 법인으로 질의법인이 기존 과세사업에 사용하던 건축물(공장) 및 토지가 ｢도시개발법｣에 따라 도시개발구역으로 지정 고시됨에 따라 - 환지개발방식의 도시개발사업 후 토지는 환지처분(공업용지 → 상업용지 변경) 받고, 건축물과 영업손실 보상금은 체비지 또는 현금으로 보상받을 예정임 ○ 이와 별도로 질의법인은 사업시행자와 협약을 체결하여 질의법인의 비용으로 기존 건축물을 철거하고 ｢토양환경보전법｣상 오염토양의 정화책임자로서 오염된 토지를 원상회복 할 예정이며 - 도시개발사업 완료 후 환지처분 받은 토지에 주상복합건물(국민주택규모 이하 아파트 및 오피스텔)을 신축‧분양하는 사업을 시행하거나 또는 토지 상태로 매각할 예정임 2. 질의내용 ○ 제조업자가 사업용으로 사용하던 토지 및 건축물을 도시개발사업의 환지처분에 따라 토지등으로 보상받은 후 주상복합건물을 신축하여 분양하거나 또는 토지(환지) 상태로 매각하는 경우 - 기존 건축물의 철거비용 및 오염토지의 원상회복 비용 관련 매입세액을 공제할 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 14. 토지 ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 ○ 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 ○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. ○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. <단서생략> | 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × | 면세공급가액 | | 총공급가액 | ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율 ○ 도시개발법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "도시개발구역"이란 도시개발사업을 시행하기 위하여 제3조와 제9조에 따라 지정‧고시된 구역을 말한다. 2. "도시개발사업"이란 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다. ○ 도시개발법 제40조 【환지처분】 ④ 시행자는 지정권자에 의한 준공검사를 받은 경우(지정권자가 시행자인 경우에는 제51조에 따른 공사 완료 공고가 있는 때)에는 대통령령으로 정하는 기간에 환지처분을 하여야 한다. ⑤ 시행자는 환지처분을 하려는 경우에는 환지 계획에서 정한 사항을 토지 소유자에게 알리고 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 공고하여야 한다. ○ 도시개발법 제42조 【환지처분의 효과】 ① 환지 계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분이 공고된 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지 계획에서 환지를 정하지 아니한 종전의 토지에 있던 권리는 그 환지처분이 공고된 날이 끝나는 때에 소멸한다. ○ 토양환경보전법 제10조의4 【오염토양의 정화책임 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 정화책임자로서 제11조제3항, 제14조제1항, 제15조제1항‧제3항 또는 제19조제1항에 따라 토양정밀조사, 오염토양의 정화 또는 오염토양 개선사업의 실시(이하 "토양정화등"이라 한다)를 하여야 한다. 2. 토양오염의 발생 당시 토양오염의 원인이 된 토양오염관리대상시설의 소유자‧점유자 또는 운영자